(1)審核目的不同。內(nèi)審從改善內(nèi)部管理的角度出發(fā)，通過對發(fā)現(xiàn)的問題采取相應(yīng)糾正、預(yù)防措施，推動質(zhì)量改進；外審是通過對實驗室的質(zhì)量管理體系進行合格評定，確定實驗室具備相應(yīng)的能力，從而為實驗室提供認證或其他服務(wù)。

　　(2)審核組的組成不同。內(nèi)審以實驗室自己的名義組成審核組，由實驗室最高管理者聘任有資格的人員和有關(guān)人員實施；外審是第三方認可機構(gòu)或客戶委派審核組，實驗室認可由經(jīng)認可機構(gòu)考核確認的有資格的人員實施。

　　(3)審核計劃不同。內(nèi)審可編制年度滾動計劃，每月審核一個或幾個要素，半年或一年覆蓋全部要素或部門；外審是短期內(nèi)審核所有有關(guān)部門和要素的現(xiàn)場評審計劃。

　　(4)樣本量和審核深度不同。內(nèi)審時間充裕，抽取樣本量大，審核較深。外審時間短，抽取樣本量和深度相對較小。

　　(5)不符合項分類不同。內(nèi)審的不符合項按性質(zhì)分類，可分為體系性不符合、實施性不符合、效果性不符合。外審的不符合項按嚴重程度分類，分為基本符合但有缺陷、不符合。

　　(6)審核員對糾正措施的處置不同。內(nèi)審對糾正措施不作具體咨詢，但可提方向性意見供參考，內(nèi)審員對完成情況需跟蹤和驗證。外審對糾正措施不能作咨詢，對整改計劃的落實要經(jīng)審核組長認可，若為不符合項，還可派人到實驗室復(fù)查。